No mandato, Clerot foi titular da Comissão de Consituição e Justiça da Câmara Federal e relator de alguns importantes projetos da época, como o que regulamentou o sistema financeiro nacional. Ele votou favoravelmente ao impechment do ex-presidente Fernando Collor de Mello.
Em 1998, concorreu à reeleição e chegou aos 43.867 votos, mas não conseguiu o terceiro mandato. José Luiz Clerot ainda tentou uma nova eleição, em 2002, e teve apenas 616 votos. Em 2006, alcançou 1.680 votos.
Voltou em 2009 e concorreu novamente à uma vag deputado federal e sóalcançou 12.740 votos.
